O Supremo Tribunal Federal declarou a inconstitucionalidade dos Decretos-Leis nº 2.445 e nº 2.449, ambos de 1988. Com isso o PIS devido nos períodos de janeiro/1989 a fevereiro/1996 voltou a ser regido pela LC nº 07/1970.
Foi submetida ao judiciário discussão a respeito do critério de amortização das dívidas que a União tem para com os contribuintes (composta de principal e juros do SELIC), decorrentes de pagamentos indevidos ou maior de tributos.