O Supremo Tribunal Federal declarou a inconstitucionalidade dos Decretos-Leis nº 2.445 e nº 2.449, ambos de 1988. Com isso o PIS devido nos períodos de janeiro/1989 a fevereiro/1996 voltou a ser regido pela LC nº 07/1970.
No julgamento do Recurso Extraordinário nº 559.937/RS (cuja repercussão geral foi reconhecida), em 20/03/2013, o Plenário do Supremo Tribunal Federal – STF declarou a inconstitucionalidade de parte do artigo 7º, inciso I, da Lei nº 10.865/2004, que determinava a base de cálculo do PIS e da COFINS incidentes sobre a importação em montantes que desbordavam do conceito de valor aduaneiro, por ofensa direta ao artigo 149, § 2º, inciso III, alínea “a”, da Constituição Federal, na redação dada pela EC nº 33/2001.
Ao editar as Instruções Normativas SRF nº 247/2002 e nº 404/2004, a Secretaria da Receita Federal do Brasil estabeleceu o conceito de insumos para o aproveitamento de créditos de PIS e COFINS não-cumulativo (previstos no art. 3º, inciso II, das Leis nº 10.637/2002 e nº 10.833/2003) de forma excessivamente restritiva, pautada pela concepção tradicional de insumo previsto na legislação do Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI).